在仪器制造过程中，仪器的误差值都被仔细地测定并设置到零。 但如这些误差值可能会发生变化，因此在下述的情形中强烈推荐您对之进行测定：
第一次使用全站仪前；
在每次高精度的测量前；
在颠簸和长时间运输后；
在长时间的工作后；
在长时间的存放期后；
如果当前温度与最后一次校准时温度差值大于20 °C等情况下。建议对仪器进行轴系误差检查和校准：通常自行做的就是如下电子校准：
①l, t 补偿器纵向和横向指标差
②i 竖直角指标差，与竖轴有关
③c 水平照准误差, 也称为视准差
④a 横轴倾斜误差
⑤ATRplus零位误差 （Hz 和 V）
⑥望远镜相机同轴相机零点误差，是同轴相机中心点和望远镜十字丝之间的 hz和V 差值
下列仪器部件可以通过机械的方式进行机械校准（建议送徕卡维修中心完成）：
•水平照准误差, 也称为视准差
• 横轴倾斜误差
• ATR
使用仪器盘左、盘右两个面观测同一目标。仪器误差可以通过两次角度观测值的平均予以消除。
校准方法：
Leica Captivate 主页-【设置】-【全站仪】-【检查&校准】
点击【确定】进入校准程序
点击【确定】
注意：校准时除了环境温度适应外，还要保障仪器周边不能有震动。
1，组合校准：
点击【下一步】
精确地瞄准相距约 100 m 处的目标棱镜。 目标必须安置在全站仪视准水平面±9° 之内。该程序可以从望远镜的任何一面开始。
使用目镜内十字丝准确瞄准目标点击【观测】
如果勾选了校正望远镜相机，会弹出如下提示
点击【确定】
使用相机屏幕上的图像十字丝精确瞄准圆棱镜中心。 点击【观测】
待仪器自动倒镜后，目镜十字丝精确瞄准棱镜中心，点击【观测】
若之前勾选了校正望远镜相机，会弹出如下提示：
点击【确定】。
再用图像十字丝精确瞄准圆棱镜中心，点击【观测】
选择【完成校准并保存结果】点击【下一步】，显示校准结果值
（如果不放心，可以再添加另一轮校准，即重复前面步骤，重新盘左盘右瞄准目标观测一遍）
可以查看到校准新值，以及旧值。查看无误后，点击【完成】
注意：这个校准值并不是越小越好，也不一定要小于规范要求值，因为它就是一个仪器自身的轴系误差改正值，当仪器成功校准结束后，重新测量目标得到的视准差或指标差才需要和规范要求值比较。另外注意的是：即使校准了ATRplus,在使用ATRplus进行自动照准观测时，十字丝也可能不是非常准确地定位到棱镜中心。这是正常现象，为了加快ATRplus测量，望远镜通常都不是非常准确地照准棱镜中心。而这些ATRplus偏离棱镜中心的值在每次观测时都会被测定并自动改正到结果中。这就意味着，水平角和竖直角被改正了两次：首先通过测定的ATRplus零位误差对水平角和竖直角进行改正，然后再改正当前点的细小轴系校准偏差值。
总之一句话：只要校准过了，就放心大胆的用ATRplus自动照准，ATRplus照准也是0.5秒
2，检校横轴倾斜a：
在做三角高程测量，或者测站点与目标点高差较大时，需要校准横轴倾斜。
用望远镜准确地瞄准相距约 100 m远的目标（或至少20m）目标必须位于水平面上或下27°处。
用目镜十字丝精确瞄准高（或低）目标，点击【观测】，如果俯仰角度不够，则会提示下图警告：
需要重新瞄准满足角度要求的一个目标再点击观测。
等待仪器自动倒镜，用目镜十字丝精确瞄准同一目标点，再次点击【观测】
点击【下一步】
选中【完成校准并保存结果】点击【下一步】
查看无误后，点击【完成】。如果不放心，可以使用同样的方法再做一遍，看看新的改正值是否一样。
3，检校补偿器（电子气泡）
在对中整平时，如果在一个方向已经将电子气泡居中，转动全站仪180°如果发现电子气泡偏差较大时，需要校准补偿器。如果已经进行过组合校准，一般不用再单独校准补偿器。
选中【检查补偿器】，点击【下一步】
点击【观测】
此时不用进行任何操作，等待仪器自动倒镜
点击【下一步】
选择【完成校准并保存结果】点击【下一步】
查看无误后，点击【完成】。如果需要检验是否校准成功，可以进入全站仪对中整平页面，将电子气泡居中，并看看此刻的L、T值，转动全站仪180°，然后看看是否居中，L、T值是否和转动前差不多。
至此，全站仪四重轴系校准已完成。大家可以放心大胆的进行仪器校准操作，校准结束后，可以自检的。可以正倒镜测量同一目标，记下两次观测值，然后根据公式分别计算视准差和指标差，检查核对是否满足规范要求，不满足的话，可以重新再校准。如果多次校准后测量目标仍不合格的话，则可能需要将仪器送至徕卡官方维修中心进行检测及维修。
4，查看仪器当前所有轴系校准值：
可以查看校准结果值，也可以在校准前先查看，以作校准前后对比。
点击【下一步】
5，检查和校准设置：
主要是设置提醒校准仪器的时间，根据自身需求进行设置。
上述校准方法步骤同样适用于 Leica MS60全站扫描仪，以及Leica TS16系列全站仪(注意不带自动照准和不带图像的TS16稍微有些差别)。