达芬奇每幅画里面都隐含着其他的信息，有说法是为了表达他对当时社会的不满。在《达芬奇密码》一书里介绍说，达芬奇是隐修会里的成员，他们当时都保护着一个极为重要的秘密，许多相关的文件被秘密藏在一个会外人都不知道的地方。达芬奇的画包含了这个秘密。
在《最后的晚餐》一图中，达芬奇画出了这个秘密的具体物体：圣杯。然而圣杯不是一个杯子，而是指的一个女人。可以看到在耶酥的左侧有一个女人，那是耶酥的妻子。而他和他妻子的位置正好组成一个V字形，其圣杯则就是指女人孕育生命的地方。
达芬奇自创字体，他的日记一般人都看不懂，是用反着的字体写的。
他有很多作品在一段时间后又重新画了一幅，而其中有些内容有些改变。据说《蒙娜丽莎》和达芬奇自画像的原稿是同一幅，达芬奇尊敬女性，同时又是个同性恋者。他还有很多画都是画中有画。
《达芬奇密码》这本书里的秘密即关于圣杯的历史。一般人理解的圣杯是一个可以让人永生的圣物，而《达芬奇密码》却通过一连串的密码揭露了一段不为人知的历史:圣杯其实是个女人，抹大拉带着耶苏的骨肉，存活了下来。但欧洲的天主教会势力很强大，不允许这样的历史存在，于是想尽办法掩人耳目。峋山隐修会便承担起了保护抹大拉和耶苏的骨肉的责任。当然,女主角的爷爷就是上界会长，由此引出的整个故事。