谈起西南医科大学，很多不熟悉的同学，或许会以为这所大学在重庆或者成都，这两个西南地区最重要的城市，实际上并非如此。西南医科大学位于四川省泸州市，最初的名字是泸州医学院，2015年更名西南医科大学，实现了跨越式的发展。不过泸州医学院并非一步到位，更名西南医科大学，中间还有9个月的四川医科大学时期。这也意味着，泸州医学院9个月之内经历两次更名，才最终升格西南医科大学，在当时引起了两次巨大的争议，先后遭到四川大学和西南医院的反对。
第1次争议：泸州医学院升格四川医科大学，四川大学反对。
早在2013年泸州医学院启动了更名四川医科大学的工作，并将这一工作列为学校的十二五发展规划重点战略。2014年4月21日，当时的泸州医学院给四川大学发公函，希望四川大学支持泸州医学院更名四川医科大学的工作。当时的泸州医学院认为：四川大学华西医学中心历史上使用过华西协和大学，华西大学，四川医学院，华西医科大学等校名，和四川医科大学并不重合。
但是在当年5月27日，四川大学明确表示反对，并且将回函抄送给了四川省教育厅。为什么四川大学会反对呢？四川大学华西医学中心在1953年~1985年使用四川医学院的名称，时间长达32年，当时一直简称川医。如果泸州医学院更名四川医科大学，肯定也会简称川医，容易造成误解。实际上按照校名规范来讲的话，历史上没有学校使用过四川医科大学的名称，泸州医学院更名四川医科大学并不违规。而简称并不是正式校名，比如简称南大的学校，比较知名的有南京大学，南开大学，南昌大学，所以当时四川大学的反对，很多人并不在意。
2015年2月26日，教育部开始公示泸州医学院更名四川医科大学，当时的公示期是20天，四川大学并没有提出反对。根据后来四川大学的说法：由于当时正值寒假期间，所以相关的公示学校并没有看到。春季开学之后，四川大学900多名川医的校友联名向教育部部长发出公开信，要求撤销四川医科大学。但实际上经过教育部的公示之后，四川医科大学给泸州医学院已经木已成舟，相关程序合法合规，所以泸州医学院正式的更名四川医科大学。但是由于四川大学数次反对，希望泸州医学院更名泸州医科大学，并且将官司打到了教育部。泸州医学院非常憋屈，自己改个校名，教育部都批准了，如今四川大学反对，泸州医学院自然不甘示弱，但是由于底蕴比不过四川大学，所以只好再次更名，这次选择的是西南医科大学的名字。
第2次争议，四川医科大学改名西南医科大学，第三军医大学部分院士和西南医院反对。
2016年1月17日，四川医科大学再次更名西南医科大学，由于这次更名属于同层次更名，所以并没有经过相关的公示，当时的教育部直接批准了。
但是由于泸州医学院更名一事闹得沸沸扬扬，所以再次更名引起了很多人的关注。第2天就有第三军医大学的院士反对这次更名，第4天又有一名院士参与此事。8天后的1月26日，第三军医大学西南医院也发表了措辞强硬的反对意见，但是第三军医大学并没有书面的反对意见。
第三军医大学曾经在1950年左右使用过一年的西南医科大学的名称，而附属西南医院正是由此而来，所以第三军医大学实际上是有正当理由反对四川医科大学更名西南医科大学的。不过戏剧性的是，当时的部队医院正逢改制期间，单位未来的命运是军管还是地方管辖，前途未卜，实在是没有精力管这件事情了，然后争议就不了了之。而第三军医大学也在2017年更名陆军军医大学，对外仍然可以使用第三军医大学的名称。
泸州医学院经历两次更名事件之后，低调地挂上了西南医科大学的牌匾。不过由于西南医科大学的名称也给学校带来了实实在在的利益，明显比四川医科大学高大上，随之而来的数年生源质量稳步提升，学校也可以算是因祸得福吧。
