日本首相的正式称谓是“内阁总理大臣”，顾名思义，这个职务那就是天皇的臣子名份，并且是首席大臣。而日本首相和天皇的关系，是以1945年日本战败为分水岭的，在这前后有着本质的不同，我们不妨以东条英机上台来举例说明，二战及其之前天皇和首相之间是什么状态。
1941年太平洋战争爆发之前，东条英机已经是内阁成员“陆相”，正式称谓是“陆军大臣”。当时的日本内阁（政府最高机构）以首相为主，以另外四个主要大臣为辅有一个“五相会议”，大致等于常委会的意思，来制定和实施最高国策，分别是首相、陆相、海相（海军大臣）、外相（外务大臣）和藏相（大藏大臣，管财政的）。
时任首相为贵族出身的近卫文麼，在制定完对美英的强硬国策后，这个老近卫有点害怕了，临阵退缩宣布辞职，那么等于这届内阁也黄了。第二天，以枢密院（退休的首相等老家伙组成的天皇顾问团）为主的“重臣会议”提名东条英机组阁，裕仁接受了这个建议，1941年11月7日的下午召东条入宫。
日本天皇当面晋升东条英机为陆军大将，命其以现役身份担任首相出面组阁，同时还兼任新内阁的陆相，东条英机登时集大权于一身。所以这就是1945年之前天皇和首相的基本关系：首相由天皇的“重臣会议”推举、由天皇决定任命、然后首相则自己根据情况组成内阁，成为政府的首脑。
但是当时的日本天皇，还是陆海军双料大元帅，如果是在文职首相的状态下，陆相、陆军参谋总长、海相、海军军令部长都具有“帷幄上奏权”，也就是军方首脑可以越过内阁，直接对话和听命于天皇。所以二战时期天皇具有军队的“统率权”，而政府和首相只能通过陆相和海相管理军队的部分军政事宜，对参谋总部和军令部这两个“军令机构”却没有任何管辖权。
这也就造成了首相的权力有限，以及军部（那几个军队机关的统称）经常可以甩开政府“暴走”，因为他们只需要有天皇的暗示即可。所以在这个层面上来说，东条英机以军人和陆相的身份出任首相，其实是个特例，是日本为了在太平洋战争中实现军政权力高度集中，而采取的全新方式，前提是都认为东条英机比较忠诚于天皇，不会擅权。
因此天皇虽然躲在幕后“不负实际政治责任”，但其实在1945年之前，由于掌握着首相任命权和军队统率权，所以日本天皇是具备实际大权的，说裕仁是侵华战争和太平洋战争的元凶毫不为过。无论日本首相、内阁和军部的战略决策，最终都需要在“御前会议”上通过，需要裕仁点头，即便是军政一把抓的东条，也得吃准裕仁的态度才行。
但是随着麦克阿瑟和美军的到来，美国人对战败的日本政体进行了西式的改造，其中比较重要的有两条：其一是首相成为“民选”（但不是全民选举），也就是国会中占多数党的党首，自动成为首相的候选人。比如现在长期把持国会多数席位的自民党，其党首就会成为参众两院“指名选举”的候选人，然后由全体议员投票选举通过，从而产生新任首相。
国会通过以后，还需要在天皇那里走个过场“任命”一下，但是这个任命只是形式上的，丧失实际权力的天皇不可能不通过。然后首相再提名自己的内阁成员，也由天皇走形式“认证”一下，如此新一届政府也就产生了。按照日本新宪法的规定，军人不可以担任首相，同时其自卫队的统率权也归于内阁，即由新设立的“防务大臣”（防相）直接领导，然后对首相负责。
也就是说，二战战败以后的日本，天皇完全丧失了首相的实际任命权和军队统率权，那么当然就成为了“虚位”国家元首，不再具有实际权力，所以目前日本的首相才是国家真正的领导者。不过日本政府保持了对天皇表面上的尊重，首相的全称仍然是“日本国内阁总理大臣”，逢年过节或者新首相上任，都得进宫晋见天皇，走得是君主立宪制的政治路线。
现成的例子，跟英国女王和英国首相的关系完全相同，女王和皇室就是个牌牌，这么理解就简单了。
日本的天皇的历史悠久，传说中天皇是传世大神天照大神的后裔，从第一代的神武天皇到现在的明仁天皇已经有125代的历史了，足足有两千多年，也是世界上最长的君主制度的记录。
曾经的天皇手里的权利是很大的，作为一国之君，天皇的指令便是最高权利的象征，这种状况一直延续到镰仓幕府时代。天皇的权利被幕藩体制取代，将军成为了最高统治者。一直演化下来，天皇逐渐变成了没有实权的一个职位，整个皇族除了作为一个国家的象征，再没有实际的权利。
而日本的首相，也就是内阁总理大臣这是实际上执政党的领袖，掌握实权的人，天皇与内阁总理大臣之间的关系则显得非常微妙。
首先，天皇在选举内阁总理大臣的时候是没有投票权利的，但是一旦内阁总理大臣被选出，需要进入皇宫得到天皇的正式加冕，拿到天皇给你颁发的亲笔署名的任命书，还要口头授予你：内阁总理大臣。你才算真正意义上的首相，来行使你的权利。
同时，天皇会受到内阁大臣什么约束呢？一般天皇是作为国家的象征，经常需要接待外宾和出国访问，与他国交好，但是并不是天皇想和谁交好，或者想对谁进行访问，就可以擅自决定的，而是需要得到内阁的同意，内阁的意见又主要来自于内阁大臣，也就是首相。在这一点上，内阁制约了天皇的活动。
历史上也有天皇和首相相处配合非常默契的情况，当然也有相互像冤家一样的天皇和内阁大臣的组合，比如安倍晋三和现在的明仁天皇，就是一对死对头。明仁天皇正在以提前退位这样的举动抗议安倍晋三的一些政治活动，也是为了以退为进的表明立场。
因此内阁和天皇是一对相互制约的组合。